主人公：お約束の元人間で記憶がない。人間時代は「自分のことが嫌い」な自己卑下の強い性格で同じように自分を嫌っていたキュレムの虚無空間に引き寄せられてしまった。英雄団に入って人助けをするうちに居場所を見つけ、最終的に人間に戻らず今の仕事を続ける決意をする。
パートナー：お約束の主人公の親友で、倒れていた主人公を拾ってくれる。優しく、明るく能天気な性格だが、昔は主人公たちのように自己卑下が激しかった(群れでなかなか能力が伸びなかったため）。
仲間たち
ブルンゲル（♂）：英雄団のスポンサーで、RPGの「王様」をイメージしたキャラクター。その本質は英雄伝説オタクの、ノリのいいわがままな爺ちゃん。おっとりした「妃」（ブルンゲル♀）がいる。
ルカリオ（♂）：ブルンゲルの執事的存在。真面目で有能、英雄団で一番勇者っぽい。心の中でたまに毒づいたツッコミをしている。
フライゴン（♂）：ブルンゲル直属の部下。RPGの「戦士」をイメージしたキャラクター。かっこつけ。
ムウマージ（♀）：ブルンゲル直属の部下。RPGの「魔法使い」をイメージしたキャラクター。ドジっ子。
タブンネ（♀）：ブルンゲル直属の部下。RPGの「僧侶」をイメージしたキャラクター。優しい性格。
フーディン（♂）：ブルンゲル直属の部下。RPGの「賢者」をイメージしたキャラクター。物静かで真面目、賢い。
ヘラクロス（♂）：ブルンゲル直属の部下。RPGの「武闘家」をイメージしたキャラクター。せっかちな性格。
レパルダス（♀）：ブルンゲル直属の部下。RPGの「盗賊」をイメージしたキャラクター。元ヤンな姉御肌。
ミネズミ（♂）：ブルンゲル直属の部下。見習い。前作のビッパ的ポジション。いい人。
街の人たち
プクリン（♂）：第1作にならい、今回友達管理係に復帰。
ラッキー（♀）：引き続き卵管理係。
バチュル（♂）：技思い出させ＆連結係。見た目は威厳がないが凄腕。
チルット（♀）：RPGの「吟遊詩人」をイメージしたキャラクター。歌いながら施設案内してくれる前作のヤルキモノ的ポジション。
ペルシアン（♂）：RPGの「商人」をイメージしたキャラクター。経理担当で町の金庫係。第1作は♀だったが今回は♂で、レパルダスとカップル。
ゴチルゼル（♀）：暇を持て余したマダム。宝石だかコインだかをコレクションしており、ダンジョンで拾ったコレクション品をランダムでアイテムに交換してくれる。コレクション品は前作の「宝箱」に該当し、ネイティオ的ポジション。
カクレオン（♂）：相変わらずの店員。相変わらず仲間にするには泥棒するしかない。
コジョンド（♀）：道場主。年齢不詳の美人。
ヤナップ・バオップ・ヒヤップ（ともに♂）：近所のガキ。主人公たちに色々依頼してくるマリル的ポジション。ヤナップがツッコミ、バオップが小ボケ、ヒヤップが大ボケ。ネプチューンでいうと名倉・原田・ホリケンみたいなもの。
オタチ（♂）：一般人。たまに依頼してくるバネブー的ポジション。
シキジカ＆メブキジカ：近所（町の外）の様子に詳しい。前作のリングマポジション。
ムンナ（♀）：ロリ要員。
ワルビアル（♂）：見た目は悪そうだが気さくなおっちゃん。
ジバコイル：今回も保安官。部下にコイルを連れ、お尋ね者逮捕依頼を出してくる。弱いのでいつも人任せ。
ペリッパー：3作連続の手紙配達人。
パッチール：今回もカフェを開いている。
バニリッチ：パッチールの横でジェラート屋さんを開いている。りんごまたはきのみ系アイテムを持っていくとジェラートにしてくれる。ドリンクと同じでたまに当たる。
ソーナンス・ソーナノ：今回もリサイクルしている。
ルンパッパ・キレイハナ・マラカッチ：クジで大当たりを引くと出てくる。マラカッチが増えた。
英雄団・・・要するに冒険パーティ。ブルンゲルのサポートを受けていたりいなかったり。
ドレディア＆エルフーン：美少女部隊。前作のチャームズポジション。
チームかまいたち：前作のかまいたちメンバーと同じだが、ドリュウズが増えている。やっぱりサンドパンはロリコン。
エモンガ＆パチリス＆プラスル＆マイナン：見た目が似ている電気部隊。ピカチュウは主人公候補なのでいない。可愛い見た目で実力は不明、前作のハッピーズポジション。
チラチーノ＆エネコロロ：セレブ部隊。派手好き。前作のマックローポジション。
シュバルゴ＆ゼブライカ：前作のポッポボーポジション。中堅の英雄団。騎士と馬なので、見た目は一番それっぽい。
レントラー＆ウォーグル＆エルレイド：かなりの実力を持つ英雄団。前作のレイダーズポジション＝目立たない。見た目がそれっぽいポケモンたちを集めてみた
敵キャラ
ヤブクロン、ズルズキン、ハリーセン：小悪党。イジワルズ、ドクローズのポジション。
キリキザン部隊：キリキザンと部下のコマタナの集団。前作のレントラー一家（空だとライボルト一家）のポジション。
サザンドラ：前作のガブリアスポジション。中ボス。
伝説系
ゾロアーク（♂）：中ボス。ダンジョン奥地に来た者をひどい目に遭わせて追い返すが、実は群れを守るためであった。（仲間の結束は固い）たぶんイケメン。一度倒すと味方寄りのポジションになってくれる。
ミュウツー：最初に仲間になってくれる伝説系。冷静で賢く、主人公がポケモンになった理由を調べてくれる。破壊の遺伝子を持っているために遺伝子を持たないミュウを羨んだこともあったが今は受け入れてミュウと仲良くやっている。
ミュウ：ミュウツーと色々な意味で他人じゃないポケモン。素直な性格。クリア後に挑戦状を送りつけてきて勝ったら仲間になってくれるジラーチポジションだといいな
ビクティニ：ギリシャ神話の「ニケ」のイメージなので♀寄り。英雄に付き従う勝利のポケモンとされる。彼女に認められた者こそ真の英雄とも言える。実は2代目で、前英雄のことは知らない。
ビリジオン・コバルオン・テラキオン：前作のユクシー・エムリット・アグノムポジション。ダンジョンの奥に隠れていて、中ボスになったりする。ゼクロムとレシラムの現状について情報をくれる。
ゼクロム・レシラム：かつて「英雄」に付き従ったドラゴンポケモンの片割れ。ゼクロムは少し無愛想な口調、レシラムは丁寧な口調で喋る。実は世界を危機に招いた隕石から誕生した存在。暴走したキュレムに襲われるが、フォルムチェンジ後の姿をお互いにレシラム・ゼクロムであると勘違いし、争うことになる。英雄任せで何もしなかった自分を恥じ、クリア後に主人公が戦って勝つと仲間になる。
キュレム：第3のドラゴンポケモン。今回のラスボス。かつて世界を危機に陥れた隕石から、ゼクロムとレシラムと共に誕生した。ゼクロムとレシラムが生まれた「残り」であり「虚無」をつかさどり、同じ遺伝子を一部持つためホワイトキュレム・ブラックキュレムにフォルムチェンジする。英雄の部下として活躍した2匹と異なり自分は気づかれず取り残され、隕石と共にある謎の存在として周囲の民からも恐れられ、さらに2匹の両方の遺伝子を持つことからどっちつかずな自分が大嫌いだった。強烈な自己嫌悪によって能力が暴走し、自我も虚無に取り込まれてしまう。主人公たちの説得（とバトル）で自我を取戻し、ゼクロムとレシラムに詫びて真実を伝えた。
ランドロス：荒れた世界を元に戻すために力を借りたいがどこにいるかわからないポケモン。たぶんクリア後のメインイベント。トルネロス倒す→ボルトロス倒す→居場所判明、みたいな。
シェイミ：荒れた世界を元に戻すために当初は彼女に力を借りに行く。前作同様に山にいる。「私一人では大変ですが・・・そうだ！ランドロスさんというポケモンが、荒れた大地を肥沃な土地にできる能力があるって聞いたことがあります！」みたいな感じで
ウルガモス：隕石問題を解決したかつての「英雄」。闇に閉ざされた世界を救うべく太陽代わりに輝くことを決意したところ感心した先代ビクティニが力を貸してくれ、そのカリスマ性に誕生したばかりのレシラムゼクロムが配下について闇を払うことができ、世界は救われた。隠居後「運命の塔」のような制限ダンジョンの一番奥にいて、辿り着くと仲間になる。
